Jusqu’au siècle dernier, l’attrait commercial des fanons et de l’épaisse couche de graisse de la baleine boréale en a fait, elle et sa semblable la plus proche, la baleine noire, les espèces ayant la plus grande valeur commerciale pour les chasseurs de baleines.
Les baleines boréales récupèrent toujours de cette importante surpêche, qui a débuté au 16e siècle et ne s’est terminée que lorsque les populations ont frôlé l’extinction. Plusieurs décennies seront encore nécessaires afin que cette espèce longévive et au faible taux de fécondité puisse retrouver ses niveaux d’avant la chasse à la baleine, bien qu’il y ait des signes encourageants.
Parmi les menaces actuelles, on retrouve le recul de la banquise et les changements dans la dynamique de la chaine alimentaire causés par la crise climatique et la rapide acidification des océans. Les baleines boréales sont également menacées par d’autres activités humaines, comme l’exploration gazière et pétrolière, la navigation et la pêche commerciales. Parce qu’elles sont de grandes baleines qui se déplacent lentement, les baleines boréales sont plus vulnérables aux collisions avec les navires, notamment en raison de l’augmentation de la navigation en Arctique.
